راه دیگری که در آن زمان متداول بود از مدینه به سمت کوفه و مدینه الاسلام (بغداد) می رفت و سپس از آن جا به سمت ری، قم و خراسان و بالاخره به مرو منتهی می‌شد. این مسیر در نقشه با رنگ زرد مشخص شده است و چنانکه ملاحظه می شود این مسیر در ابتدا تا معدن نقره و از نیشابور تا انتها ( مرو) با مسیر اول مشترک است. ولی در نقد مسیر دوم می‌توان به این مطلب اشاره کرد: عبور از سه شهر کوفه، بغداد و قم، از این سه شهر کوفه و قم مرکز تجمع شیعیان در آغاز قرن سوم اسلامی بود و عبور امام رضا علیه السلام از این دو شهر می توانست به قدرتمندی شیعیان این نواحی و شورش احتمالی آنان بیانجامد. و شهر سوم یعنی بغداد و مرکز تجمع و قدرت عباسیان که از ولایت عهدی امام رضا علیه السلام خشمگین بودند و آن را انتقال قدرت از آل عباس به آل علی علیه السلام قلمداد می‌کردند، پس در هر دو صورت این مسیر و انتخاب آن به زیان مامون بوده است، بنابراین‌ دلایل عقلی و منطقی علاوه بر دلایل و مستندات تاریخی بر مسیر اول مرتبت است. از این رو مسیری که مامون برای انتقال امام رضا ‌علیه السلام از مدینه به مرو انتخاب کرده بود، از دیدگاه جغرافیای طبیعی، اجتماعی، سیاسی و مذهبی بسیار حساب شده و زیرکانه بود. سفر امام رضا علیه السلام از مدینه تا مرو را در ۵ بخش زیر می‌توان دسته بندی کرد:

۱- از مدینه تا بصره

۲- از بصره تا فارس

۳- از فارس تا یزد

۴- از یزد تا خراسان

۵- امام علیه‌ السلام در خراسان